1992’de başlayan saldırılar, Bosna-Hersek’i modern Avrupa’nın en karanlık savaşlarından birinin içine sürükledi. Kuşatma altındaki Saraybosna, keskin nişancı ateşine, bombardımana, açlığa ve sürekli ölüm tehdidine maruz kaldı. Cumhurbaşkanlığı binası bombalanırken dahi Aliya şehri terk etmeyi reddetti; bu kararı teslim olmayışın simgesi hâline geldi.
Birleşmiş Milletler’in silah ambargosu, Bosna’yı ağır silahlar karşısında savunmasız bıraktı. Aliya, ambargonun kaldırılması için uluslararası alanda sesini yükseltti. “Ne askerlerinizi ne de gözyaşlarınızı istiyoruz; yalnızca kendimizi savunmamıza izin verin” sözleri, bu adaletsizliğin özeti oldu.
Birleşmiş Milletler tarafından 1993 yılında “güvenli bölge” ilan edilen Srebrenitsa korumasız bırakıldı. Temmuz 1995’te Sırp güçleri, dünyanın gözleri önünde bölgeye girdi. Günler içinde sekiz binden fazla Boşnak erkek sistematik biçimde katledildi. Bu katliam, İkinci Dünya Savaşı’ndan bu yana Avrupa’da gerçekleştirilen en büyük soykırım olarak tarihe geçti.
Savaşın Bosna’yı tükenme noktasına getirdiği 1995 sonbaharında, Dayton görüşmeleri kusurlu ama savaşı durduran tek seçenekti. Aliya bu gerçeği, “Bu mükemmel bir barış değil ama savaşı durduran bir barış” sözleriyle ifade etti.
1996 seçimleriyle Aliya, Bosna-Hersek Başkanlık Konseyi’nin başkanı oldu. Bu dönemde bir savaş liderinden barışı taşıyan bir devlet adamına dönüştü. Önceliği, parçalı devlet yapısını işler kılmak ve toplumsal yaraları onarmaktı. Boşnak, Sırp ve Hırvatların ortak bir devlet çatısı altında yaşayabileceğine inandı; çoğulculuğu tarihî bir gerçeklik olarak gördü.
Savaş sonrası tutumu ve uzlaştırıcı dili, onu uluslararası alanda saygı duyulan bir figüre dönüştürdü. Uluslararası basın Aliya’yı sıkça “Avrupa’nın bilge Müslümanı” olarak tanımladı. Sağlık sorunları nedeniyle Haziran 2000’de görevinden ayrıldı. Yazılarında ve konuşmalarında Bosna’nın geleceğini adalet, çoğulculuk ve kimliği koruyarak dünyaya açılma fikri üzerine kurdu.
19 Ekim 2003’te vefat ettiğinde, ardında yalnızca bir devlet değil, ahlakı siyasetin merkezine alan bir düşünce bıraktı. Aliya İzetbegoviç’in mirası, savaşın karanlığını aşan bir bilgelik ve demokratik bir devlet vizyonu olarak yaşamaya devam ediyor.
“Hayatım boyunca hep iki şeyin mücadelesini verdim: özgürlüğün ve insan onurunun.”