1988’de özgürlüğüne kavuşan Aliya İzetbegoviç, Bosna-Hersek’in geleceğini belirleyecek bir lider olarak yeniden tarih sahnesine çıktı. Mart 1990’da İzzetbegoviç, diğer aydınlarla birlikte Bosna’nın çok milletli yapısını ve anayasal eşitliği savunan Demokratik Eylem Partisi’nin (SDA) kuruluşunu ilan etti. İslam ahlakı ile demokratik değerleri bir araya getiren “ortak vatan” fikri, bu vizyonun temelini oluşturuyordu. Kasım 1990’da yapılan ilk çok partili seçimlerde Aliya, çok üyeli Devlet Başkanlığı Konseyi’ne seçildi ve konsey başkanlığını üstlendi.
Yugoslavya’nın dağılmasıyla Slovenya ve Hırvatistan’ın bağımsızlığı, Bosna’da Sırp milliyetçiliğini ve silahlı baskıyı artırdı. Yugoslav Halk Ordusu, bu baskının taşıyıcısına dönüştü. Aliya uluslararası diplomasi alanında yoğun bir mücadele yürüttü; bölünmeyi reddetti. Bosna’nın varlığı tehdit altına girince direnişi kaçınılmaz gördü.
1 Mart 1992’de yapılan referandumda, baskı ve tehditlere rağmen halk bağımsızlığa “evet” dedi. Avrupa ve ABD’nin Bosna-Hersek’i tanımasının ardından saldırılar hızlandı ve Saraybosna, haftalar içinde kuşatma altına alındı.